You can only catch the very first Pokémon you see in each new area. Nickname Everything:
Si al iniciar el juego tus Pokémon , es debido a las medidas anti-piratería de la quinta generación. Puedes solucionarlo de dos formas:
Haz que sus equipos sean aleatorios (puedes forzar que tengan Pokémon con evoluciones similares a las originales para mantener el nivel).
Hay varias maneras de lanzarte a esta locura, desde usar un programa aleatorizador universal hasta descargar ROMs ya preparadas de fábrica. Para que no te pierdas, aquí te dejo lo mejorcito que he encontrado: